يركز قسم الجيولوجيا البيئية على دراسة المخاطر التي يشكلها التلوث الصادر من الطبيعة، أو من الإنسان على البيئة. تشمل مشاريع، وخدمات هذه الإدارة، تحديد مصادر التلوث المحتمل، ودراسة مسارات حركة الملوثات، واحتمالات تعرض الإنسان أو البيئة لها، بالإضافة إلى اقتراح الحلول للتخفيف أو للقضاء على المخاطر المرتبطة بها. يتعاون هذا القسم على نطاق واسع، مع الإدارات والأقسام الأخرى في الهيئة، ولاسيما قسم جيولوجيا المياه، وقسم المخاطر الجيولوجية، وقسم الجيولوجيا الهندسية، لوضع التقويم المتكامل لإدارة المخاطر. وتتركز الإستراتيجية الحالية لبرامج الجيولوجيا البيئية في الهيئة في رسم خرائط المخاطر المرتبطة بالنشاط الإشعاعي الطبيعي. ويستند رسم الخرائط الحالية إلى حد كبير على عمليات المسح الإشعاعي الجوي التي تمت في ستينيات وسبعينيات وثمانينيات القرن العشرين، التي كانت تهدف أصلا إلى دعم التنقيب عن المعادن، ورسم الخرائط الجيولوجية. يتم استخدام إعادة تفسير هذه البيانات بواسطة الفحص الأرضي بجهاز قياس الطيف بأشعة جاما المحمول في مناطق مختارة، بهدف إنتاج خرائط توضح مستويات الجرعة الإشعاعية المحتملة وحجم المخاطر المرتبطة بها. الهدف الرئيس للقسم هو رفع مستوى الوعي العام بوجود وأهمية المستوى المنخفض للنشاط الإشعاعي وتأيين الإشعاع والمجالات الكهرومغناطيسية في البيئة. يجري العمل حالياً على إصدار دليل تثقيفي عن غاز الرادون، كما يجري التخطيط لإصدار مطبوعات مماثلة في مواضيع أخرى في المستقبل.